Jotkajavre fjellstue ligger på Finnmarksvidda langs ferdselsåren mellom Karasjok og Alta.
I likhet med de andre statlige fjellstuene er Jotkajavre del av en nødvendig infrastruktur i områder med store avstander, lite befolkning og dårlige eller manglende veier. I 1932 hadde Fjellstuevesenet fortsatt 39 stuer, de fleste i Finnmark.
Gjestestua på Jotkajavre, bygget 1920, er en av de få som overlevde tyskernes nedbrenning i 1944.
Det meste ble imidlertid bygget opp igjen, så i 1958 hadde staten fortsatt 33 fjellstuer og flere gjestgiverier. Bygningene har fått noen endringer og tilføyelser de siste tiårene, men helhetspreget er ikke endret.
I Finnmark eier staten ved Statsbygg i dag tre betjente fjellstuer Jotkajavre, Mollisjok og Ravnastua og i Hattfjelldal i Nordland Harvasstua.
Vern
Bygningene fra 1920 (gjestestua og et uthus) er foreslått fredet, og tre andre bygninger samt utearealet rundt bygningene er foreslått i verneklasse 2 i landsverneplan for Kommunal- og moderniseringsdepartementet. Fredningen skal bevare førkrigsbebyggelsen, mens vernet for øvrig skal bevare det helhetlige anlegget med tunet, småskalapreget og naturterrenget med bruksspor.
Fjellstuen er betjent og har over 30 sengeplasser og restaurant. Fjellstuen tilbyr også diverse aktiviteter og utleie av utstyr. Turen Alta – Karasjok er T-merket, tar fire dager og medfører besøk på tre av statens fjellstuer.
